SECUENCIACIÓN DE NUEVA GENERACIÓN (NGS)
¿Qué es la secuenciación?
El genoma humano es el conjunto total de ADN presente en cada una de nuestras células. El genoma humano está formado por tres mil millones de pares de bases y aproximadamente entre 20.000 y 22.000 genes.
El proceso que permite conocer el orden exacto de la secuencia de bases en el ADN se llama secuenciación.
¿Para qué sirve la secuenciación?
Los genes son la parte de nuestro genoma que contiene información para la producción de proteínas que son responsables de las características y funcionalidad de nuestro cuerpo. Los genes están formados por exones e intrones, pero solo los exones (denominados región codificante) se traducen en proteínas. Los exones representan solo el 2% del genoma humano.
Los exámenes de secuenciación buscan identificar cambios en la secuencia de exones que pueden afectar la función de las proteínas y relacionarlos con condiciones clínicas.
Desde la década de 1970, se han desarrollado varias metodologías de secuenciación. Desde la década de 1980 hasta mediados de la década de 2000, la secuenciación por el método Sanger fue el método principal utilizado.
A partir de la segunda mitad de la década de 2000, surgió la técnica de secuenciación de próxima generación (NGS) y reemplazó gradualmente al método Sanger. Sanger secuencia los fragmentos de ADN de forma individual, mientras que NGS es una técnica de secuenciación a gran escala, en la que millones e incluso billones de fragmentos se secuencian simultáneamente en una sola ejecución.
Hay tres tipos principales de exámenes NGS: el exoma, los paneles y la secuenciación individual.
MLPA
¿Qué es MLPA?
MLPA (amplificación de sonda dependiente de ligamiento múltiple) es una técnica de biología molecular que identifica variaciones en el número de copias (CNVs) en los exones del gen de interés. Las CNV incluyen deleciones (pérdida de material genético) y duplicaciones (ganancia de material genético) mayores de 1 kb.
¿Para qué sirve MLPA?
MLPA se puede utilizar para identificar CNVs en un solo gen, en una región asociada con un síndrome conocido, e incluso para detectar ganancias y pérdidas de cromosomas completos.
Por lo tanto, MLPA es una herramienta de diagnóstico importante para pacientes con sospecha clínica de aneuploidía, síndromes de microdeleción o microduplicación, cáncer hereditario y otras enfermedades genéticas causadas por CNVs (ejemplo: distrofia muscular de Duchenne, atrofia muscular espinal).
HIBRIDACIÓN GENÓMICA COMPARADA O MICROARREGLOS
¿Qué es la hibridación genómica comparada?
La hibridación genómica comparada es una técnica de biología molecular que investiga simultáneamente miles de regiones en el genoma humano para identificar variaciones en el número de copias (CNVs). Las CNV cubren deleciones (pérdidas) y duplicaciones (ganancias).
Las CNVs detectadas pueden incluir uno o más genes e incluso afectar grandes segmentos cromosómicos. El tamaño mínimo de CNV que se puede identificar está directamente relacionado con el tipo de plataforma de microarreglo utilizada. El microarreglo también detecta pérdidas o ganancias de cromosomas completos (aneuploidías) como en el síndrome de Down (ganancia de un cromosoma 21, ejemplo de trisomía) y en el síndrome de Turner (pérdida de un cromosoma, ejemplo de monosomía).
¿Cuál es el propósito de la hibridación genómica comparada?
El microarreglo (miroarray) se puede solicitar para diagnosticar pacientes con sospecha de síndromes causados por microdeleciones y microduplicaciones y se recomienda para aclarar diversos cuadros clínicos de causa desconocida, que incluyen malformaciones congénitas, discapacidad intelectual, retraso en el desarrollo neuropsicomotor, trastorno del espectro autista (TEA), dificultades. de aprendizaje y restricción del crecimiento, entre otros.
Hay dos tipos principales de plataformas de hibridación genómica: CGH-array (Comparative Genomic Hybridization, CGH) y SNP-array (polimorfismos de un único nucleótido – polimorfismos de un solo nucleótido, SNP). Ambos microarreglos detectan CNVs, sin embargo, el SNP-arreglo también identifica regiones de ausencia de heterocigosidad (AOH) en el genoma.
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